Gli elementi d'interesse storico e culturale presenti nella Riserva non sono rappresentati unicamente dal complesso abbaziale ma anche da un ricco e diffuso patrimonio abitativo costituito da ben 79 colonie che si è conservato nella sua primigenia bellezza grazie sia alla continuità della proprietà, che è rimasta praticamente ininterrotta dal 1142, che alla cura determinata da un antico rapporto di tipo mezzadrile.

Tali abitazioni presentano elementi ed ambienti caratteristici dell'edilizia premoderna marchigiana con murature a faccia vista, scale esterne che terminano in un piccolo loggiato, solai in legno, volte in laterizio; più rari ma di estremo interesse anche i tetti con i coppi impianellati su travetti e sorretti da grosse travature ammassate nelle spesse murature.

Ciò che forse di più stupisce di tali architetture è la loro capacità di trasformazione nel tempo: quella capacità di adattarsi continuamente alle differenti condizioni di vita e quindi alle tecniche agricole. La casa rurale elemento fondamentale, insieme al terreno del rapporto mezzadrile, doveva infatti essere in grado di svolgere una serie articolata di funzioni: oltre a dimora stabile della famiglia doveva disporre di un pozzo per l'acqua potabile e di un forno per cuocere il pane, doveva avere un luogo per l'allevamento ed il ricovero del bestiame, nonché spazi idonei alla prima lavorazione e trasformazione dei prodotti.

Altro elemento di peculiare interesse è rappresentato dalla capacità di dialogare con il territorio circostante sia per il modo con cui le singole case si pongono in mezzo al podere, ovvero in posizione di dominio, ma anche di continuità con esso, sia per tanti piccoli altri elementi che riprendono le forme dell'ambiente circostante quali ad esempio la pendenza delle falde di copertura che, istintivamente, riprendono l'inclinazione delle colline. Ad esempio la casa colonica della colonia Vaccareccia crea un rapporto con l'ambiente a dir poco sorprendente: essa segue perpendicolarmente la pendenza del terreno e vi si addentra con un piano (la cantina) come se volesse farne parte.