Usciti dalla chiesa da una piccola porta sita in fondo alla navata destra si accede al grande chiostro quadrato, fulcro planimetrico di tutta l'Abbazia, completamente ricostruito dai cardinali commendatari alla fine del XV secolo. Misura 37 metri di lato circa, con otto arcate a sesto ribassato 19  per lato, insistenti su pilastri esagonali in cotto. Intorno a loro si trovano i più importanti locali del Monastero quali:

• Sala del Capitolo dove ogni giorno si riunivano i monaci per leggere un "Capitolo" della Regola.

• Auditorium in cui era permesso ai monaci  parlare ai fratelli di cose necessarie.

• Il refettorio dei conversi costituito da una sala rettangolare di 32 metri di lunghezza, illuminata da delle tipiche monofore romaniche.

• La sala delle oliere ampio locale che corre sotto il lato settentrionale del chiostro dove venivano conservate le grandi brocche contenenti l'olio prodotto dall'Abbazia stessa.